1、党政办公室

办公室是图书馆的行政管理部门，协助馆长制定工作计划、规章制度，并检查各部门的执行情况。负责协调各部门工作，组织会议、对外联络和接待工作，草拟工作总结、报告、通知，处理来往信函文件以及统计报表;管理文件档案和印鉴。负责办公用品的领发与保管，设备购置等工作.协助馆领导组织业务学习和政治学习，合理计划经费使用,负责有关财务工作。

2、采编部 

采编部是采访各种文献并进行加工整理以供读者利用的部门。采访和编目是图书馆工作流程的起点，采编部的工作关系着馆藏图书质量的好坏和馆藏体系是否合理，负责全馆中文图书的查访、 选订、征集与接收，到馆新书的验收、登记、盖章、帐目清算，新书的分类、加工、典藏，图书目 录的印制、编排等工作。

3、查新与信息咨询部

信息与检索中心是图书馆对读者进行辅导和为读者进行信息检索服务的部门。负责内部资料的收集、加工、 整理、分类交换工作；为读者提供计算机检索及手工检索；负责对读者进行文献检索和情报利用辅 导工作；为学院的教学、科研、医疗和重点学科建设提供专题检索、定题跟踪、原文检索与传递、查收查引等文献信息服务。

4、系统服务部 

系统服务部是提供图书馆现代化技术保障的部门，负责图书馆局域网络的维护、图书馆自动化系统 的维护、培训图书馆自动化技术、图书馆网页的维护、视听室的维护和管理，其中心机房是图书馆自动化系统的心脏。

5、古籍特藏部

古籍特藏部是围绕古籍文献开展各种业务工作的部门。负责古籍图书、特藏图书、样本图书的保管、维护，开发利用古籍文献资源，宣传古籍知识、接待国内外宾参观等活动。

6、期刊部

期刊部是为读者提供期刊杂志阅览服务的部门，分为现刊阅览室和过刊阅览室。现刊阅览室存放当年期刊。过刊阅览室存放以往期刊的合订本，历年的杂志保存得比较完整，是馆藏资源的重要 部分。我馆的医学期刊比较齐全，特别是中医药期刊的收集是中原地区最齐全的部门。由于杂志出版周期短，更新快，最能反应学科的最新动态，所以，期刊部是读者了解学科研究进展，研究学术 发展动态的理想场所。读者持借书证入阅览室进行阅览，不可拿出室外，可以随时复印。

7、流通部

流通部是图书馆的借书窗口，图书馆大部分图书都集中在流通部供读者借阅，流通部主要负责自然科学书籍及社会科学书籍的借阅， 1999年实行微机管理后，改变了传统的手工借还，规范了图书管理工作，极大地方便了读者，使馆藏图书得到了充分的开发和利用，2001年开始实行全开架服务，读者可以凭证进入书库， 自主选择图书，真正地实现了藏、借、阅合一，阅览后可以办理外借手续。

8、阅览部

阅览部的功能布局是藏阅合一，集数字文献和纸质文献为一体，以中医药古今图书文献和外文图书文献为特色，为师生提供仲景文献阅览、医学样本图书阅览、外文原版图书阅览服务。