河南中医药大学图书馆古籍特藏部负责管理古籍书库、特藏书库和名医画廊等；负责馆藏古籍的开发整理工作。部门现有6名员工，高级职称人员1人，馆员5人，其中硕士研究生学历5人。

  河南中医药大学图书馆古籍书库始建于1958年，收藏有线装书、民国和建国初期影印出版物以及高仿古籍等，还藏有明清时期日本、朝鲜等国刻印的古医籍、两国重新刊印的中国中医药典籍。典藏重点为中医药类线装古籍，是全国中医院校建成较早、规模较大的中医药古籍书库之一，也是中原地区中医药类古籍主要收藏单位，2011年被授予第一批“河南省古籍重点保护单位”。

  书库现总藏量33000余册，藏有各类古籍1600余种。收藏版本以雕刻本为主，此外，有活字本、抄本60余种，石印本140余种1200多册。馆藏善本图书有200多种2000余册，孤本40多种，其中《急救良方》入选 《第一批全国珍贵古籍名录》；《古今医统正脉全书》、《重修政和经史证类备用本草》、《伤寒大白》 、《王宇泰先生订补古今医鉴》、《济人自济经验诸方》、《申斗垣校正外科启玄》、《秘授眼科》、《 济阴纲目》、《妙一斋医学正印种子编》、《针灸大成》等10部古籍入选《第一批河南省珍贵古籍名录》。
   中医药古籍是中医药文化、知识传承的重要载体，馆藏中医药古籍是我校发展中医药特色教育的资源宝库 。近年来，古籍书库在做好古籍保护的同时，积极开展开发利用工作，为国家古籍整理出版资助项目“中医名家珍稀典籍校注（第一辑）”、“《中原历代医药名家文库•古代卷》（第一辑、第二辑）” 古籍点校、整理出版等提供版本支持。随着古籍资源保护和古籍深度开发利用，古籍书库将会发挥越来越重要的作用。